动物研究所历史悠久，人才辈出，贡献卓著。其前身是1928年成立的静生生物调查所、1929年成立的北平研究院动物学研究所和1930年成立的中央研究院动物研究所。动物研究所目前拥有三个国家重点实验室，即干细胞与生殖生物学国家重点实验室、农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室、与清华大学和北京大学联合的膜生物学国家重点实验室；建立了动物生态与保护生物学院重点实验室和动物进化与系统学院级重点实验室；有馆藏量达800余万号的动物标本馆；还建立了国家动物博物馆，以及众多的野外观察研究台站和基地。研究所主要定位在围绕农业、生态、环境和人类健康及其人与自然协调并存等方面的重大需求和科学问题，在珍稀濒危动物保护、有害动物控制、资源动物可持续利用、动物疾病预警与防控、生殖与发育生物学、动物系统学和进化生物学等领域开展基础性、前瞻性、战略性研究。动物研究所在2003年全国一级学科生物学学科评估中整体水平排名第二，2009年全国一级学科生物学学科评估中整体水平排名第五，在2005年、2010年及2015年获得全国优秀博士后流动站荣誉称号。1981年，国务院学位委员会批准动物研究所为我国首批具有博士、硕士学位授予权单位；1987年获准开展具有研究生毕业同等学力的在职人员理学硕士学位、博士学位资格授予工作；1988年经全国博士后管委会批准建立博士后科研流动站；1994年获准为博士生导师自行评定单位；1997年、2000年先后两次被评为中国科学院博士生重点培养基地；1998年被国务院学位委员会批准为一级学科（生物学）博士、硕士学位授予权单位；2008年，动物研究所“生态学”获得北京市重点学科建设资助；2011年，生态学、动物学、发育生物学、细胞生物学四个学科被中科院评为重点学科。2010年，增设生物工程硕士培养点；2011年，成功增列生物医学工程、免疫学、病理学与病理生理学三个学术型硕士培养点；2014年，成功增列基因组学博士及硕士培养点；2016年，成功增列免疫学、人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学三个学术型博士培养点；2017年，成功增列再生医学博士及硕士培养点；现有在学研究生700多人。招生目录中所有专业均可招收直博生。